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Enquanto as empresas de biotecnologia e farmacêuticas produzem medicamentos, os medicamentos das empresas de biotecnologia têm uma base biológica, e os medicamentos das empresas farmacêuticas têm uma base química. As empresas de biotecnologia usam organismos vivos ou seus produtos, como bactérias ou enzimas, para fabricar seus medicamentos. Por outro lado, as empresas farmacêuticas usam apenas materiais químicos e geralmente artificiais para criar drogas.

A biotecnologia também possui mais aplicações que as empresas farmacêuticas. Por exemplo, as empresas de biotecnologia desenvolveram versões de culturas sem alérgenos alimentares específicos, culturas que exigem menos pesticidas e culturas com um perfil de nutrientes mais completo. Embora exista alguma sobreposição entre empresas de biotecnologia e farmacêuticas em termos de pesquisa, fabricação e distribuição de drogas, o alcance da biotecnologia é muito maior.

Há também uma diferença substancial nos custos operacionais, especialmente o custo da pesquisa e desenvolvimento. As empresas de biotecnologia têm custos muito maiores devido ao foco na pesquisa e desenvolvimento (em oposição à fabricação com empresas farmacêuticas) e o tempo e dificuldade em testar e criar novos produtos.

A discrepância no custo e tempo necessário para a fabricação de um novo produto levou a produtos de biotecnologia que detêm suas patentes por muito mais tempo que as empresas farmacêuticas. Onde as empresas farmacêuticas geralmente detêm os direitos exclusivos para fabricar e distribuir seus medicamentos por cinco anos, as empresas de biotecnologia possuem suas patentes há 12 anos.

Tudo isso leva a lucros muito voláteis para as empresas de biotecnologia. Muitos operam em uma perda por muitos anos até que uma substância altamente lucrativa seja fabricada, quando seus lucros podem ser ainda maiores do que as empresas farmacêuticas. Por outro lado, os lucros das empresas farmacêuticas e, portanto, os preços das ações, tendem a flutuar menos.